建农1号大豆是由黑龙江省农垦总局建三江分局科研所以建88-249为母本、合交87-943为父本进行有性杂交，1996年进行田间株行决选育成，原代号为建96-29。2003年3月经黑龙江省农作物品种审定委员会审定并命名。